L'intérêt d'un refuge LPO est également pédagogique , en offrant d'innombrables occasions d'observation des plantes et des animaux sauvages, celles-ci pouvant ensuite servir, notamment pour les enseignants, de point de départ à l'approfondissement de sujets en lien avec la nature et l'environnement. 

Ce cadre permet d'amener les élèves à être acteurs de la préservation de la biodiversité et de questionner les relations que l'humain entretient avec les autres espèces qu'il côtoie. Cela permet également de bénéficier de l'accompagnement des classes par des naturalistes professionnels au cours de séances sur le terrain pour recenser la biodiversité.